Presentazione
Protein Folding
Richieste di studio
Download
Contatti

ProteoBioChip è un gruppo di laureati in Ingegneria a Padova che ha creato un modello matematico per l'analisi delle molecole organiche. Come sorgente dati sfruttiamo i Protein Data Bank e dai quali ricaviamo i parametri dei modelli dinamici. L'insieme dei PDB viene diviso in due gruppi eterogenei. Il primo gruppo viene utilizzato per ricavare i parametri, mentre la validazione del modello matematico viene effettuata usando il secondo gruppo di dati PDB. In questa fase di sviluppo siamo disponibili ad effettuare analisi di molecole di vostro interesse per verificare le potenzialità di questo software. Siamo consapevoli della difficoltà computazionale e della nostre risorse uomo limitate ma contrariamente agli applicativi che si stanno sviluppando in questi anni, noi stiamo seguendo una strada di simulazione che permette un più rapido calcolo dello sviluppo e del comportamento della proteina in esame. Attendiamo l'opportunità di sfruttare il nostro software in situazioni pratiche. Noi offriamo l'ingegnerizzazione del software e un nostro potenziale partner potrebbe fornirci le tecnologie di indagine sperimentale dei risultati. In questo modo noi affiniamo le elaborazioni mentre il nostro collaboratore avrebbe la possibilità di avere una indagine computerizzata delle molecole prese in esame.
Siamo quindi lieti di offrirvi un nostro elaborato.
Attualmente siamo tutti impegnati in attività lavorative che purtroppo hanno preso una strada diversa dalla nostra idea, ma saremo sicuramente disposti a sacrificare tutto il nostro tempo libero per giungere ad una soluzione. Siamo convinti che il Protein Folding sia la sfida più impegnativa di questo secolo e che segnerà lo sviluppo della tecnologia del nostro futuro. In questi ultimi anni abbiamo visto il declino dello sviluppo della tecnologia al silicio su cui si basano i nostri microchip, non è più possibile incrementare la densità di integrazione sul silicio. Il silicio e tutte le tecniche elettroniche attuali hanno raggiunto il limite fisico infatti i moderni microprocessori giocano la carta della complessità architetturale e non della velocità intrinseca di elaborazione. In poche parole si tenta di affinare la tecnica e non più la tecnologia.
E' arrivato il momento di cambiare tecnologia per poter lavorare a livello atomico, per poter far questo c'è la necessità di lavorare con le molecole. Per creare modelli complessi e con funzionalità volute è necessario disporre di molecole sviluppabili a piacimento e controllabili nelle loro comportamento.
Le molecole con le maggiori potenzialità sono le proteine ecco perchè degli ingegneri come noi stanno studiando il comportamento dinamico delle proteine ed il loro folding.
Oltre allo sviluppo del simulatore delle proteine e la successiva creazione delle proteine elaborate, c'è la necessità di comprendere cosa succede a livello molecolare. L'idea è di usare il silicio come componente marginale e sfruttare la capacità di interagire con i campi elettrici deboli delle proteine per interfacciare il comportamento delle stesse con il mondo esterno. Il silicio sarebbe necessario per dialogare con le proteine le quali sarebbero sfruttate per creare un architettura computazionale. Il cuore del calcolatore moderno diventerebbe il complesso di proteine ed i microchip sarebbero usati solo come interfaccia elettronica.
Da qui il nome che abbiamo creato: ProteoBioChip.

Proteo per indicare il contributo delle proteine
Bio per indicare che è il processo che sta alla base della vita
Chip per non dimenticare che tutta la nostra attuale tecnologia si basa sul successo economico del silicio.

Pensiamo come sarebbe il nostro attuale modo di vivere senza il silicio ed immaginiamolo come sarà con i ProteoBioChip.
Sicuramente lo sviluppo tecnologico seguirà questa direzione, molti già lo sanno, gloriosi e fortunati saranno i primi a riuscirci...

Ing. Francesco Barbieri

Protein folding

Analisi di dinamica di molecole organiche
Studio di interazione tra diverse molecole organiche
Studio di molecole di interesse farmaceutico (determinazione delle affinità tramite analisi software)
Ingegnerizzazione di molecole con particolari funzioni biologiche
Determinazione di dinamica di molecole patologiche